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Nach der Gründung der Stadt durch Abderramán III. im 10. Jahrhundert wurde im Jahr 965 der Bau der Mezquita Mayor, der Hauptmoschee in Auftrag gegeben. Es handelt sich um eine Moschee von großem Ausmaß, die in zwei Bereiche untergliedert ist: den Innenhof für rituelle Waschungen und die Gebetshalle. Der Innenhof für rituelle Waschungen lag dort, wo sich heute die Delegation für Verteidigung befindet, die volkstümlich als der Innenhof der Orangen bekannt ist. Die Gebetshalle bestand aus 7 Schiffen, alle zur Qibla-Wand und zur Mihrab Gebetsnische ausgerichtet (die im Inneren der San Juan Kirche noch erhalten ist). Nach der Eroberung durch die Katholischen Könige, wurde die ehemalige Mezquita zur ersten Kathedrale der Stadt, aber 1522 wurde sie von einem Erdbeben zerstört.
Im 17. Jahrhundert begannen die Bauarbeiten der heutigen San Juan Kirche auf den Fundamenten der früheren Mezquita Mayor. Die Hauptfassade ist aus Bossenquadern, mit einem Tor unter einem Rundbogen und einem dreieckigen Giebel, wo sich das Wappen des Bischofs Portocarrero befindet. Das Innere gehört zum Typ Hallenkirche, mit einem einzigen rechteckigen Schiff, dessen Wände dicke Pilaster aufweisen. Sehenswert sind die Qibla-Wand und die Mihrab Gebetsnische, die einzigen Überreste der ehemaligen Mezquita Mayor.
Die Kirche beherbergt Bilder der Schwesternschaft von Nuestra Señora de las Angustias und des Santísimo Cristo de la Buena Muerte.